事業承継・M&A補助金の申請の流れ｜対象要件と必要書類を解説

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事業承継・M&A補助金とは？

事業承継・M&A補助金は、後継者不在やM&A（企業の合併・買収）による事業の引き継ぎに課題を抱える中小企業・小規模事業者を支援するための制度です。 以前は「事業承継・引継ぎ補助金」という名称でしたが、令和6年度から「事業承継・M&A補助金」に名称が変更されました。 この補助金は、事業承継やM&Aをきっかけとした設備投資や経営革新、M&Aを進める際に必要となる専門家への依頼費用などを補助することで、経営資源の円滑な引き継ぎを後押しすることを目的としています。

補助金の主な申請枠

事業承継・M&A補助金には、企業の状況や目的に応じていくつかの申請枠が設けられています。 主な枠は以下の通りです。

• 事業承継促進枠：5年以内に親族内承継や従業員承継を予定している事業者が対象で、事業承継を契機とした設備投資や店舗・事務所の改築費用などが補助対象となります。
• 専門家活用枠：M&Aによって経営資源を譲り渡す、または譲り受ける中小企業が対象です。 M&A仲介手数料やデューデリジェンス（企業の資産価値やリスクの調査）費用など、専門家を活用する経費の一部が補助されます。
• PMI推進枠：M&A後の経営統合（PMI）にかかる専門家費用や設備投資などを支援する枠です。
• 廃業・再チャレンジ枠：事業承継やM&Aに伴って既存の事業を廃業する際の費用や、新事業に挑戦するための廃業費用を支援します。

それぞれの枠で補助上限額や補助率、対象となる経費が異なるため、申請前に自社の状況がどの枠に該当するのかを公募要領で確認することが重要です。

補助金の対象となる経費の例

この補助金では、事業承継やM&Aの各段階で発生する様々な費用が対象となります。 具体的な対象経費は公募回ごとに定められるため、必ず最新の公募要領を確認する必要があります。 以下は、主な申請枠で対象となる経費の例です。

専門家活用枠で対象となる経費

M&Aのプロセスで専門家の支援を受ける際に発生する費用が中心となります。 ただし、M&A仲介やFA（フィナンシャル・アドバイザー）に係る費用は、中小企業庁の「M&A支援機関登録制度」に登録された専門家への支払いに限られます。

• M&A仲介手数料・FA費用
• デューデリジェンス（DD）費用
• 企業価値評価（バリュエーション）費用
• 表明保証保険料
• セカンドオピニオン費用

事業承継促進枠で対象となる経費

親族内や従業員への承継を機に行う、生産性向上を目的とした取り組みの費用が対象です。

• 設備投資費用
• 店舗・事務所の改築工事費用
• 産業財産権等関連経費

事業承継・M&A補助金の申請から交付までの流れ

事業承継・M&A補助金の申請は、定められたスケジュールに沿って計画的に進める必要があります。 以下に、申請から補助金交付までの一般的な流れを解説します。

Step 1: 公募要領の確認と対象要件のチェック

まず、事業承継・M&A補助金の公式サイトで最新の公募要領を確認します。 自社が中小企業基本法上の「中小企業者」に該当するか、検討している事業承継やM&Aが補助金の対象となるかといった要件を確認します。 補助対象となる経費や事業期間なども、この段階で詳細に把握しておくことが重要です。

Step 2: gBizIDプライムアカウントの取得

本補助金の申請は、電子申請システム「jGrants（Jグランツ）」でのみ受け付けられます。 jGrantsを利用するためには、「GビズIDプライムアカウント」が必須です。 アカウントの発行には通常2〜3週間程度かかるため、公募の締切に間に合うよう、早めに取得手続きを開始しましょう。

Step 3: 認定経営革新等支援機関への相談

補助金の申請にあたり、事業計画の策定や申請書類の作成について、国から認定を受けた専門家「認定経営革新等支援機関」のサポートが必要になる場合があります。 専門家活用枠では必須ではありませんが、他の枠では確認書の提出が求められることがあるため、公募要領を確認し、必要に応じて税理士や商工会議所などの支援機関に相談しましょう。

Step 4: 申請書類の準備とjGrantsでの申請

公募要領で定められた申請書類を準備します。事業計画書、決算書、履歴事項全部証明書などに加え、申請枠に応じた書類が必要です。全ての書類が揃ったら、jGrantsにログインし、電子申請マニュアルに従って申請手続きを行います。 2026年の第16次公募では、申請受付期間が2026年10月2日から11月6日までとされています。

Step 5: 審査と交付決定

申請内容に基づき、事務局による審査が行われます。審査を通過すると「交付決定通知」が届きます。 採択結果は、申請者全員にjGrantsを通じて通知されます。 重要な注意点として、原則としてこの交付決定通知を受け取る前に契約・発注した経費は補助対象外となります。

Step 6: 補助対象事業の実施と実績報告

交付決定後、申請した事業計画に沿って事業を開始します。M&Aの実行や設備投資などを行い、経費の支払いも完了させます。 補助事業が完了したら、定められた期間内に事業の結果をまとめた「実績報告書」と経費の支払いを証明する証拠書類（契約書、請求書、領収書など）を提出します。

Step 7: 補助金額の確定と交付

実績報告書の内容が審査され、最終的な補助金額が確定します。その後、指定した銀行口座に補助金が振り込まれます。 補助金は後払いのため、事業実施に必要な資金は自己資金や融資などで一旦立て替える必要がある点に注意が必要です。

会社の売却や事業の引き継ぎを検討する中で、自社の価値がどの程度なのか気になる場合は、専門のサービスを利用して相場を把握することも有効です。 会社・事業の売却相場診断（NexoValue・無料）のようなオンライン診断は、今後の経営判断の参考になります。

申請時の注意点

補助金を確実に活用するためには、いくつかの注意点を押さえておく必要があります。

事業承継やM&Aは、多額の費用がかかる大きな経営判断です。 補助金制度をうまく活用することで、その負担を大きく軽減できる可能性があります。 まずは自社が対象となるかを確認し、計画的に申請準備を進めてみてはいかがでしょうか。

まとめ

事業承継・M&A補助金は、中小企業が事業の引き継ぎを円滑に進めるための強力な支援策です。 補助金には「事業承継促進枠」「専門家活用枠」など複数の枠があり、それぞれ対象者や補助される経費が異なります。 申請は電子申請システム「jGrants」で行い、事前にGビズIDプライムアカウントの取得が必要です。 申請から交付までは、公募要領の確認、申請、審査、事業実施、実績報告という流れで進みます。 補助金は後払いである点や、交付決定前に発注した経費は原則対象外となる点など、いくつかの注意点を理解し、計画的に手続きを進めることが採択への鍵となります。

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