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個人事業主の事業譲渡で発生する主な税金
個人事業主がM&A（第三者への売却）で事業を譲渡する場合、法人とは異なる税金がかかります。特に大きな負担となりうるのが「所得税」と「消費税」です。譲渡後に「想定外の税金で手元にお金が残らなかった」という事態を避けるため、事前に仕組みを理解しておくことが重要です。
所得税・住民税
個人事業主が事業を譲渡して得た利益は「譲渡所得」として、所得税・住民税の課税対象となります。 ポイントは、譲渡する資産の種類によって課税方法が「総合課税」と「分離課税」に分かれる点です。
- 総合課税：給与所得や事業所得など、他の所得と合算して税額を計算する方法。所得が多いほど税率が高くなる「累進課税」が適用され、税率は最大で約55%（所得税・復興特別所得税・住民税の合計）に達します。
- 分離課税：他の所得とは合算せず、分離して税額を計算する方法。土地や建物、株式などの譲渡で適用されます。
事業譲渡において特に注意が必要なのが、目に見えない価値である「営業権（のれん）」です。 営業権の譲渡益は総合課税の対象となるため、他の所得と合算した結果、高い税率が適用される可能性があります。
譲渡所得の基本的な計算式は以下の通りです。
譲渡所得 = 譲渡価額 – (取得費 + 譲渡費用) – 特別控除額（最大50万円）
この計算で算出された譲渡所得が、他の所得と合算されて所得税が計算されます。
消費税
事業譲渡では、譲渡する資産に対しても消費税がかかります。 ただし、すべての資産が課税対象となるわけではありません。
- 課税対象となる資産の例：建物、機械装置、車両、棚卸資産（商品や在庫）、ソフトウェアなどの無形固定資産、そして営業権（のれん）
- 非課税となる資産の例：土地、売掛金や貸付金などの債権、有価証券
消費税の納税義務があるのは、原則としてその年の前々年の課税売上高が1,000万円を超える「課税事業者」です。 自身が課税事業者である場合、買い手から預かった消費税を国に納付する必要があります。 譲渡対価に消費税が含まれるのかどうか、また資産ごとの内訳を契約書に明記しておくことが、後のトラブルを防ぐ上で重要です。
【具体例】事業譲渡の税金シミュレーション
実際にどれくらいの税金がかかるのか、簡単なモデルケースで見てみましょう。
【前提条件】
- 個人事業主（課税事業者）
- 事業譲渡以外の所得（事業所得など）：600万円
- 譲渡対価：2,500万円
- 譲渡資産の内訳：
- 建物（取得費300万円）：800万円
- 機械（取得費100万円）：200万円
- 営業権（のれん）：1,500万円
- 譲渡費用（M&A仲介手数料など）：250万円
1. 消費税の計算
まず、買い手から預かり、納税する必要がある消費税を計算します。課税資産は建物、機械、営業権の合計です。
- 課税資産の合計額：800万円 + 200万円 + 1,500万円 = 2,500万円
- 消費税額：2,500万円 × 10% = 250万円
2. 所得税の計算（譲渡所得）
次に、所得税の対象となる譲渡所得を計算します。ここでは簡略化のため、建物・機械の減価償却は考慮しません。
- 譲渡価額：2,500万円
- 取得費：300万円（建物） + 100万円（機械） = 400万円
- 譲渡費用：250万円
- 譲渡所得：2,500万円 – (400万円 + 250万円) – 50万円（特別控除） = 1,800万円
3. 所得税・住民税の総額（概算）
この譲渡所得（1,800万円）は総合課税の対象となり、他の所得（600万円）と合算されます。
- 総所得金額：1,800万円 + 600万円 = 2,400万円
この2,400万円に対して所得税・住民税が課されます。所得控除などを考慮しない場合、所得税（税率40%）と住民税（税率10%）を合わせると、税額は1,000万円を超える可能性があります。実際には各種控除があるため金額は変動しますが、非常に大きな負担となることがわかります。
事業譲渡の税金を抑えるためのポイント
高額になりがちな税負担を軽減するためには、いくつかの方法が考えられます。
取得費や譲渡費用を漏れなく計上する
譲渡所得を計算する上で、譲渡価額から差し引くことができる「取得費」と「譲渡費用」を正確に把握し、計上することが節税の基本です。M&A仲介会社に支払った手数料なども譲渡費用に含まれます。 過去の資料を確認し、漏れがないようにしましょう。
法人成りしてから株式譲渡する方法を検討する
個人事業主の事業譲渡で税金が高くなる大きな要因は、営業権（のれん）などが累進課税の「総合課税」の対象となる点です。 もし、事業を法人化（法人成り）してから、その会社の株式を譲渡する「株式譲渡」という手法をとれば、税金の計算方法が変わります。
株式譲渡の場合、譲渡益に対してかかる税金は、所得税・住民税などを合わせて一律約20%の「申告分離課税」です。 譲渡益がどれだけ高額になっても税率は変わりません。先のシミュレーションのように譲渡益が大きくなるケースでは、事業譲渡よりも株式譲渡のほうが手元に残る金額が多くなる可能性があります。
ただし、法人成りには設立費用や手間がかかるほか、すぐに売却できるわけではないため、タイミングを慎重に判断する必要があります。 どちらの手法が有利かは、事業の状況や譲渡価額によって異なります。会社の価値を簡易的に知りたい場合は、無料の相場診断を試すのも一つの方法です。
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個人版事業承継税制を検討する（親族内承継の場合）
第三者へのM&Aではなく、親族などに事業を引き継ぐ場合は「個人版事業承継税制」の活用も選択肢になります。 これは、一定の要件を満たすことで、事業用資産にかかる贈与税や相続税の納税が猶予・免除される制度です。 ただし、適用期間が定められており、2028年12月31日までの贈与・相続が対象で、事前に「個人事業承継計画」を都道府県に提出する必要があります。 制度の適用要件は複雑なため、税理士などの専門家への相談が不可欠です。
事業承継の相談先と準備の重要性
個人事業主の事業譲渡は、税金の計算が複雑で、どの手法を選択するかによって手元に残る金額が大きく変わります。自己判断で進めると、思わぬ税務リスクを負うことになりかねません。
事業の売却を考え始めたら、早い段階で税理士やM&Aの専門家に相談することが重要です。 税理士は税務の観点から最適な節税策を、M&A仲介会社はより良い条件で売却するための戦略を提案してくれます。
M&Aを具体的に検討するなら、まずは自社の価値を知ることから始まります。NexoValueの無料相場診断で、大まかな売却額の目安を確認してみてはいかがでしょうか。
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まとめ
個人事業主が事業譲渡を行う際には、主に「所得税・住民税」と「消費税」が課されます。特に、営業権（のれん）の譲渡益は他の所得と合算される総合課税の対象となるため、所得が多いほど税率が高くなり、税負担が大きくなる傾向があります。 また、建物や機械、営業権などの課税資産を譲渡する際には、消費税の納税も必要です。
税負担を抑えるためには、法人成りをしてから株式譲渡（税率約20%）を行う方法も有効な選択肢ですが、法人化のタイミングなどを慎重に見極める必要があります。 いずれにせよ、税金の計算は複雑であり、最適な選択は個々の状況によって異なります。後悔しない事業承継を実現するためにも、早い段階から税理士やM&Aの専門家といったプロに相談し、計画的に準備を進めることが成功の鍵となります。
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